Terdapat tiga jenis pengangkutan air di Malaysia iaitu, pengangkutan sungai, pengangkutan pesisiran pantai dan pengangkutan laut.
Pengangkutan Sungai
Pengangkutan sungai adalah lebih penting di Sabah dan Sarawak kerana jalan raya dan jalan kereta api kurang dimajukan.
Pengangkutan ini hanya terhad di kawasan pedalaman kerana kos yang lebih murah dan mudah untuk mengangkut barangan pukal dan penumpang dari kawasan pedalaman ke kawasan bandar.
Sungai-sungai yang dapat dimudiki adalah seperti Sungai Rajang, Sungai Kinabatangan, Sungai Pahang dan Sungai Perak.
Sungai Rajang dapat dimudik hingga ke Kapit dan boleh digunakan untuk mengangkut barangan pukal seperti kayu balak dan penumpang.
Sungai Kinabatangan digunakan untuk menghanyutkan kayu balak dari kawasan pedalaman hingga ke Sandakan.
Di Semenanjung Malaysia, pengangkutan sungai hanyalah terhad di kawasan pedalaman Pahang dan Kelantan.
Di Pahang, cara untuk sampai ke Taman Negara ialah dengan menaiki bot dan yang menyusuri Sungai Tembeling.
Pengangkutan Pesisiran Pantai
Pengangkutan pesisiran pantai penting bagi penduduk pinggir pantai untuk mengangkut barangan pukal dari pelabuhan kecil ke pelabuhan besar.
Lumut ialah sebuah pelabuhan kecil yang membolehkan bot-bot dari Pulau Pangkor bersinggah. Pelabuhan ini juga mengumpulkan hasil tangkapan laut dan menjual di seluruh Semenanjung Malaysia.
Pelabuhan ini juga terdapat perkhidmatan polis marin dan pangkalan tentera laut untuk mengawal keselamatan perairan negara.
Pelabuhan-pelabuhan pesisiran pantai yang penting ialah, Sandakan, Lahad Datu, Mukah, dan Sibu
Pengangkutan Laut
Pengangkutan laut penting bagi perdagangan antarabangsa. Pengangkutan laut di Malaysia dapat berkembang kerana:
a.Dapat mengangkut barangan pukal dengan kos murah
b.Mempunyai pelabuhan terlindung
c.Mempunyai pelabuhan yang dalam
d.Mempunyai kemudahan gudang
e.Terletak di lokasi strategik
Syarikat Perkapalan Antarabangsa Malaysia (MISC) mengendalikan semua urusan perdagangan luar Malaysia. Ini adalah kerana MISC memiliki kapal kargo, kapal tangki, kapal kontena dan kapal penumpang dengan jumlah yang banyak.
Antara pelabuhan antarabangsa yang penting di Malaysia ialah:
a.Pelabuhan Klang
b.Pelabuhan Pulau Pinang
c.Pelabuhan Pasir Gudang
d.Pelabuhan Kuantan
Pelabuhan antarabangsa biasanya dilengkapi dengan perkhidmatan gudang, limbungan membaiki kapal dan kren memunggah.
Pelabuhan yang mempunyai kemudahan kontena ialah Pelabuhan Klang, Pelabuhan Pulau Pinang, Pelabuhan Pasir Gudang, Pelabuhan Kuantan dan Pelabuhan Bintulu.
Pelabuhan Klang merupakan pelabuhan yang tercanggih dan termoden di Malaysia. Ia menyediakan kemudahan kontena dan kemudahan membaiki kapal.
Pelabuhan Pulau Pinang merupakan pelabuhan kedua penting di Malaysia. Ia mengendalikan eksport dan import di utara Semenanjung Malaysia.
Pelabuhan Pasir Gudang merupakan pelabuhan ketiga penting di Malaysia. Ia menyediakan kemudahan membaiki dan membuat kapal serta mengendalikan eksport dan import di selatan Semenanjung Malaysia.
Pelabuhan-pelabuhan utama di Sabah ialah Pelabuhan Kota Kinabalu dan Sandakan.
Pelabuhan utama di Sarawak ialah Pelabuhan Kuching di Pending.
Kos pengendalian yang rendah telah menyebabkan pengangkutan laut sesuai untuk urusan eksport dan import barangan pukal.
